A livello nazionale, in ogni Paese partecipante è presente un’Unità nazionale eTwinning (NSO – National Support Organization) che promuove l’azione, fornisce supporto e assistenza agli utenti, e organizza attività a livello nazionale e regionale. A livello europeo, l’Unità centrale eTwinning (CSS-Central Support Service), gestita dal consorzio di 31 Ministeri dell’Istruzione EUN-European Schoolnet, con sede a Bruxelles, coordina le Unità nazionali ed è responsabile dello sviluppo tecnico della piattaforma oltre che di una serie di attività e opportunità di sviluppo professionale.